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O Vitória de Guimarães B começou a jogar na Segunda Liga, depois de ser anunciado que clubes da Primeira Liga iriam construir uma equipa B. Desta forma, seis equipas B passaram a competir na Segunda Liga a partir de 2012-2013. Esta competição iria então ser aumentada de 16 para 22 equipas, e uma delas seria o Vitória de Guimarães B. Na sua estreia, na temporada 2012-2013, o clube não conseguiu obter bons resultados. Terminou o campeonato no 21º lugar, caindo assim para o Campeonato Nacional de Séniores. Nesta o Guimarães B foi uma equipa forte e superior, conseguindo o 1º lugar na Série B. No play-off venceu o Benfica e Castelo Branco por 2-0 na segunda mão dando-lhe assim a promoção à Segunda Liga.